زندان اسکندر یا همان مدرسه ضیائیه در حقیقت مدرسه‌ای است با حدود 8 قرن قدمت که در محله فهادان شهر یزد در مجاورت بقعه دوازده امام واقع گردیده ‌است . این بنا در سال 631 هجری قمری توسط عارف معروف ضیاءالدین حسین رضی بنا گردید و در سال 705 ه.ق توسط پسرانش مجدالدین حسن و شرف‌الدین علی تکمیل گردید . از بخش‌های این بنا می‌توان به وجود چاهی با قطری حدود 2 متر در وسط حیاط این مدرسه اشاره نمود که به سردابی به عمق حدود ۵ متر منتهی می‌گردد ، ارتفاع گنبد این بقعه به 18 متر می‌رسد و دارای گچبری‌های و تزئینات زیبائی با آبرنگ طلائی و لاجوردی بوده که بخش اعظم آن از بین رفته ‌است .

در مورد این بنا روایت‌هایی مطرح می‌باشد که قدمت ساخت آن را به زمان حمله اسکندر مقدونی به ایران نسبت می‌دهد که از این بنا به عنوان زندان استفاده می‌گردیده که بعدها تغییر کاربری داده و به عنوان مدرسه مورد استفاده قرار گرفته ‌است . مدرسه ضیائیه یزد از شیوه آذری است . این مدرسه در دو مرحله ساخته شده است . نخست گنبد خانه کهن آن همزمان با حمله مغولان ، برای آرامگاه ساخته شده و مدرسه هم نبوده است و صد سال پس از آن در اوایل سده هشتم ، نوه سازنده نخست گنبد ، در کنار آن ، این مدرسه را می سازد و آن را مدرس این مدرسه می کند و درگاه آن را هم به مدرسه باز می کند . این جا هم خانه مدرس داشته که بخش اندکی از آن پیداست .

برخلاف خانه مدرس ابراهیم خان کرمان که از درون مدرسه بدان راه می یابند ، در این از همان هشتی می توان به خانه مدرس راه یافت . میانسراء افزون بر ایوانچه جلوی حجره ها چهار ایوان بلندتر دارد که ان را چهار ایوانی کرده است .